Không riêng tại Việt Nam, bất cứ quốc gia nào có mặt Phật Giáo, dù lâu đời hay mới du nhập, Phật Giáo không thể có một tổ chức Giáo Hội chặt chẽ như Vatican, trên phương diện hành chánh. Tuy nhiên, là một Giáo Hội mang tính tôn giáo, thì Phật giáo đã chứng tỏ một Giáo Hội có thứ lớp theo giáo phẩm và tôn ti theo đạo lý.
Một Giáo Hội như thế thì không thể có một Giáo Hội chung cho mọi hệ phái mà là mỗi hệ phái có một Giáo Hội cá biệt, Giáo Hội bấy giờ đồng nghĩa với Tông môn. Ví dụ, Giáo Hội Lục Hoà Tăng, Giáo Hội Thiên Thai, Giáo Hội Khất sĩ, Giáo Hội Theravada, Giáo Hội Phật Giáo Hoà Hảo…Mỗi Tông môn như thế đều có một tôn chỉ riêng, một pháp hành riêng; Ngay từ thời Trần Nhân Tông, tuy Giáo Hội Trúc Lâm do nhà vua thống nhất cả ba hệ phái: Tỳ Ni Đa Lưu Chi, Vô Ngôn Thông, Thảo Đường nhưng không vì thế mà tất cả tu sĩ Phật Giáo lúc bấy giờ đều trực thuộc một Giáo Hội duy nhất;